Kadı Gıyaseddin, Filinta Mustafa, Bıçak Ali ve Foto Abdullah, padişah tarafından devletin Gizli Teşkilat birimine dahil olurlar. Amaçları Yüceler Meclisi ve manastırdakileri bulmaktır.

Gizli Teşkilatın yeni üyeleri, Filinta Mustafa, Bıçak Ali, Kadı Gıyaseddin ve Abdullah, Osmanlı Devleti'ni tehdit eden Manastır ve Yüce Meclis’in peşine düşer.

Kadı Gıyaseddin ve eşi Ayşe'nin vurulması herkeste şok etkisi yaşatır. Filinta Mustafa büyük bir öfkeyle mel'unların peşine düşer. Mustafa’nın hedef tahtasında artık Davut Paşa da vardır.

Filinta Mustafa, Bıçak Ali ve Abdullah çocukların izini sürmeye devam eder. Farah'ın, yakalanışıyla birlikte, kendisini neler bekleyecek? Sorgu sırasında neleri hatırlayacaktır?

Celal ve Mustafa karşı karşıya gelir... Ve Farah ile çocuklar arasında gizli bir anlaşmaya varırlar.

Maruf ile Filinta Mustafa kusursuz bir mücadeleye girer. Mustafa’nın canı tehlikededir. Miloş yanı başından ayrılmayan, kendisine sadık olan Alexander’a ilginç bir plandan söz edecektir.

Filinta Mustafa, Maaruf’la kıyasıya bir mücadelenin içindedir. Kardeşlik Teşkilatı İstanbul’da yeni saldırılar planlar. Boris'in Osmanlı'da silah fabrikası kurma isteği padişahı işkillendirir.

Filinta Mustafa ve ekibi ile 001 Janti ile karşı karşıya gelir. Boris Banka Yönetim Kurulu toplantısında Osmanlı'da Silah Fabrikası kurulması için destek vereceği sürpriz ismi açıklar.

Filinta Mustafa ve Bıçak Ali, Bezm-i Alem'deki kilit ismin peşine düşer. Padişahın kızı ve Gıyaseddin’in çocukları da halen daha bulunamamıştır.

İngiliz Ajanı 001 Janti’nin Boris Zaharyas’a sıktığı kurşunlar Yüce Meclisteki dengeleri değiştirecek. Süreyya Anita von Wilhelm tarafından uğradığı suikast girişiminden kurtulabilecek mi?

Mustafa, çocukları ailelerine kavuşturmayı hedeflerken, Yüceler Meclisi, Mustafa’nın bu girişimine engel olmak için, Padre Celal ve Kardeşlik Teşkilatı ile nasıl bir plan tertipliyor.

Filinta Mustafa Davut Paşa’nın evine getirdiği Farah ve aynı gün nikahlandığı Leyla’nın yanı sıra, Devleti Aliyye’nin huzurunu yok etmeye çalışan düşmanlara karşı büyük mücadele veriyor.

Filinta Mustafa ve Bıçak Ali padişaha karşı düzenlenen isyana kalkışanların peşine düşecekler, fakat bu araştırma onları bambaşka planların içine itecektir.

Mustafa ve Ali Boris’in cesedini bulmadan ölümüne inanmazlar. Süreyya ve doğacak bebekleri için endişelenen Ali, onları emniyetli bir yere götürmeye karar verir.

Yüce Efendi Miloş ve Efendi Cemil’in halkı ayaklandırmasının ardından, halkın ortasında kendilerini bulan Mustafa ve Şehzade Mehmet bu ayaklanmadan sağ kurtulmaya çalışıyor.

Filinta Mustafa, Gizli Teşkilat ve Osmanlı için iyice geriliyor. Mustafa Leyla'yı kurtarmakla Şehzade Mehmet'i savunmak arasında kalmıştır.

Filinta Mustafa ile arkadaşları Taksim Kışlasında gerçekleşen art arda gelen patlamaların peşindedir. Bunları yapanın asıl hedefi ise büyük bir savaşa Osmanlı’yı hazırlamaktır.

Çeçen lider Şeyh Bender’in İstanbul'u ziyareti sırasında gerçekleşen iki suikast girişimini çözmesi için Padişah, Filinta Mustafa’yı görevlendirmiştir. Padişahın yakınları dahi sorgulanacaktır.

Filinta Mustafa ve tüm Gizli Teşkilat, bir hain olan Kenan Miloş’un peşine düşer. Padişahı tahttan indirme ve yerine Şehzade Murat’ı geçirme planı içinde olan Miloş, planlarını hayata geçirecektir.

Padişahı tahtan indirme peşinde olan darbeciler tarafından vurulan Mustafa ölümle yaşam arasında savaş verir. Mustafa’nın vurulması ona aşık iki kadın Leyla ile Farah’ın duygularıyla imtihanı olur.

Padişah, darbeci Paşaların kararıyla acımasız cellatların elindedir. Sultan Murat’ın akli dengesindeki durum Osmanlı’nın idaresi için parlak değildir. Mustafa ve Ali ise intikam yemini etmişlerdir.

Filinta Mustafa, Leyla ile birlikte yaptıkları planla hem Şehzade Mehmet’i hem de Ali’yi Miloş’un elinden kurtarırlar. Filinta’da artık Sultan Abdulhamid Han dönemi başlıyor!

Akbar Eyyam; Mustafa, Ali, Galip ve Farah’ın öldürülmeleri için emir vermiştir. Mustafa ve ekibi ise darbeci paşalardan olan Sadrazam Rüştü Paşa’ya yakın adamları ortadan kaldırma görevi almıştır.

Mustafa ve ekibi içlerindeki muhbirin peşine düşerler. Şüphelendikleri kişi ise suçsuz olan dadıdır. Leyla kendinş aklayabilmek için dadıyı tehlikeye atmayı göze alabilecek midir?

Farah herkes tarafından muhbir sanılmaktadır. Mustafa gerçekleri öğrenmek için Farah’ın peşine düşer. Rüştü Paşa ve Mustafa’nın gayri kanuni hapishane kurma teklifine Sultan Abdulhamid ne diyecektir?

Padişah Mustafa ve ekibine darbeci paşaların kurduğu Gizli Teşkilat için bilgi toplamalarını emreder. Rüştü Paşa Osmanlı- Rus savaşının çıkması için harekete geçer. Efendi Miloş suikastler peşindedir.

Tersane Konferansının yapılmasını istemeyen güçler Rus sefire suikast düzenleyerek Sultan Abdülhamid Han ile Rus Çarının arasını açarlar. Rus heyeti ise konferanstan geri çekilmeye çalışır.

Tersane konferansının son gününde güç dengeleri değişir. Mustafa ise hem Süreyya’yı kurtarmak hem de Kardeşlik Teşkilatını dağıtmak için Leyla’yı kullanarak Miloş’a ulaşmak ister.

Efendi Miloş, kurduğu planla Mustafa’nın sonunu hazırlamaktadır. Leyla iyice köşeye sıkışmıştır. Sultan Abdülhamid Han ise Osmanlı-Rus savaşını engelleyebilmek için Almanlarla görüşmelere başlar.

Filinta Mustafa ve Bıçak Ali, hayatlarının en zorlu imtihanlarından birini verirler.